Khoảng thế kỷ thứ III TCN, người Ablé từ bán đảo Ả Rập di cư sang vùng lãnh thổ hiện nay của Djibouti. Con cháu họ là người Afar, một trong hai nhóm sắc tộc chính ở quốc gia này. Sau đó, người Somal Issa cũng đến định cư ở đây. Hồi giáo được truyền bá vào vùng này từ năm 825.

Việc khai thông kênh đào Suez (1869) đã làm tăng tầm quan trọng của cảng Obock xưa mà người Pháp giành quyền sở hữu từ năm 1862. Năm 1896, vùng Bờ biển Soomaaliya thuộc Pháp được thành lập do Ethiopia nhượng lại cho Pháp để đổi lấy việc xây dựng đường sắt nối liền Adis Abeba đến cảng Djibouti, trở thành lãnh thổ hải ngoại năm 1946 và hưởng quyền tự trị năm 1956. Ethiopia và Soomaaliya đòi lại chủ quyền lãnh thổ, nhưng sau cuộc trưng cầu ý dân năm 1967, vùng này trở thành lãnh thổ của người Afar và Issa thuộc Pháp. Djibouti giành độc lập năm 1977 nhưng vẫn còn duy trì một căn cứ quân sự của Pháp.

Năm 1991, xung đột giữa người Afar và Chính phủ do người Issa cầm quyền đã bùng nổ, cuộc chiến kéo dài đã tàn phá đất nước. Năm 1999, Tổng thống Hassan Gouled Aptidon, nhà lãnh đạo từ ngày độc lập, rút khỏi chính trường, nhường chức cho Ismail Omar Guelleh. Tháng 3 năm 2000, phe nổi dậy thuộc sắc tộc Afar ký hiệp ước hòa bình với Chính phủ.

Bất ổn từ phía cộng đồng người thiểu số Afars dẫn đến nội chiến trong suốt thập kỷ 90 và kéo dài đến năm 2001 khi một hiệp định hòa bình được ký kết giữa phe nổi loạn người Afars và chính quyền do người Issa nắm. Năm 1999, Djibouti tiến hành bầu cử và thành lập Chính phủ do Tổng thống Ismail Omar Guelleh đứng đầu. Ông tái đắc cử một nhiệm kỳ nữa năm 2005.